1993年3月，浦东新区环境监测站在原川沙县环境监测站的基础上成立。2010年4月，原南汇区环境监测站整体划入，5月实现合署办公。现行政上隶属于浦东新区环境保护和市容卫生管理局，业务上受上海市环境监测中心指导，是一家全额拨款的科学技术型事业单位。目前，为副处级国家环境监测二级站。

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